Pada Jumaat, 22 April 2016, Ayah Pin meninggal dunia di kediaman isteri keempatnya, Nik Kamariah Nik Pah di kawasan penempatan mereka di Kampung Batu 13, Hulu Besut pada jam 8:30 malam pada usia 74 tahun akibat sakit tua. Beliau juga turut menghidap penyakit angin ahmar dan beberapa penyakit lain sejak menghilangkan diri dari ditahan oleh pihak berkuasa pada 2005.

Jenazah beliau dikebumikan di kampung halamannya di kawasan penempatan berkenaan yang turut menempatkan beberapa kawasan kubur lain termasuk kubur isteri pertamanya, Che Minah Ramli yang meninggal dunia pada 2012. Allahyarham meninggalkan tiga balu dan 21 anak hasil perkahwinannya dengan empat isterinya sebelum ini.[18]